Vous êtes freelance, consultant ou créateur de contenu et vous passez encore des heures à faire vos factures sur Word ou Excel ? Pire : vous redoutez l’arrivée de la facturation électronique obligatoire en 2026-2027 ? Rassurez-vous, des outils pensés exactement pour les micro-entrepreneurs existent déjà et certains sont même totalement gratuits. En 2025, choisir le bon logiciel n’est plus une option, c’est une nécessité pour gagner du temps, rester conforme et surtout… vous faire payer plus vite.
Pourquoi la facturation électronique change tout pour les micro-entrepreneurs
À partir de septembre 2026 (et jusqu’en 2027 pour les plus petites structures), toute facture B2B devra transiter par une plateforme certifiée ou une PDP (Plateforme de Dématérialisation Partenaire). Fini les PDF envoyés par mail ou les factures papier : tout passera par des flux structurés (Factur-X, UBL ou API Chorus Pro). Les sanctions en cas de non-respect ? Jusqu’à 15 000 € par an. Autant dire qu’on a intérêt à s’y mettre dès maintenant.
Mais au-delà de l’obligation légale, un bon logiciel de facturation vous libère l’esprit et booste votre trésorerie : numérotation automatique, mentions obligatoires toujours à jour, relances personnalisées, synchronisation bancaire… Vous facturez plus vite, vous êtes payé plus vite. Point final.
Notre sélection 2025 des outils qui font vraiment la différence
Voici notre classement mis à jour fin 2025, basé sur des centaines d’heures de tests, les retours de notre communauté et les annonces officielles d’immatriculation PDP des éditeurs.
1. Sellsy – Le couteau suisse qui fait passer votre micro à la vitesse supérieure
Si votre activité commence à prendre de l’ampleur (plusieurs clients récurrents, besoin de devis signés en ligne, relances automatiques), Sellsy est probablement le meilleur investissement que vous ferez cette année.
La suite intègre CRM, devis, facturation, trésorerie, paiements en ligne (Stripe, GoCardless, SEPA instantané) et surtout : Sellsy est déjà pré-immatriculé comme future PDP. Vous n’aurez aucune migration à faire en 2026.
- Pipeline commercial ultra-visuel
- Signature électronique intégrée
- Relances automatiques avec scénario (mail + SMS)
- Export comptable vers tous les experts-comptables
Tarif : à partir de 39 € HT/mois (facturation seule). Oui c’est plus cher que les gratuits, mais quand on voit le temps gagné et les impayés évités, l’équation est vite rentable.
2. Pennylane – La plateforme qui centralise absolument tout
Pennylane a explosé ces deux dernières années chez les indépendants premium et les petites agences. L’idée : un seul endroit pour vos factures clients, vos factures fournisseurs, votre banque et votre comptabilité.
Le rapprochement bancaire est quasi instantané, les écritures sont pré-remplies et votre expert-comptable travaille directement dedans (accès gratuit pour lui). Pour un micro-entrepreneur qui veut déléguer sa compta sans perdre le contrôle, c’est magique.
“J’ai divisé par 3 le temps passé sur l’administratif depuis que j’utilise Pennylane.”
– Romain, consultant en stratégie digitale
Tarif : dès 14 € HT/mois pour les indépendants, mais la facture grimpe vite avec les options.
3. Indy – Le chouchou des libéraux et professions réglementées
Indy reste la référence pour les BNC (médecins, avocats, architectes…) avec son module de facturation 100 % gratuit et illimité. L’interface est d’une simplicité biblique : vous créez une facture en moins de 60 secondes.
La version Premium (12 € HT/mois) ajoute les déclarations 2035, DAS2, liasses fiscales et surtout la synchronisation bancaire. Indy est également en cours d’immatriculation PDP.
- Facturation gratuite à vie
- Générateur de 2035 ultra-complet
- Support réactif et francophone
4. Abby – Le nouvel outsider qui monte très fort
Abby a réussi le pari de proposer une interface magnifique avec un modèle freemium très généreux. La version gratuite permet déjà les devis/factures illimités, la personnalisation complète et même les relances.
Le passage payant (dès 9 € HT) débloque les paiements en ligne, la synchro bancaire et les automatisations poussées. Beaucoup de freelances créatifs l’ont adopté pour son design et sa simplicité.
5. Henrri – Toujours le roi du 100 % gratuit
Henrri reste imbattable si vous voulez zéro euro de budget. Devis, factures, avoirs, relances automatiques, catalogue clients/produits : tout est là et l’outil est certifié anti-fraude depuis des années.
Seul bémol : pas de synchronisation bancaire native (il faut exporter manuellement). Parfait pour les petits volumes.
6. Freebe – L’outil taillé pour les freelances prestataires
Freebe parle le langage des indépendants : missions, CRA, facturation au forfait ou au TJM, acomptes… L’interface est fluide et le mobile first est réussi.
Paiement en ligne par carte ou prélèvement, relances douces, tableaux de bord clairs : tout y est. Tarif unique à 12,50 € HT/mois.
7. Tiime – Facturation + compte pro avec IBAN français
Tiime combine un vrai compte professionnel (carte Mastercard, IBAN français) avec un module de facturation gratuit. Idéal si vous en avez marre des néobanques qui refusent les auto-entrepreneurs.
La version payante (17,99 €) ajoute la synchro bancaire illimitée et les notes de frais photo.
8. Mon Portail – L’outil “micro-only” avec accompagnement
Spécialement conçu pour le régime micro, avec des guides pas à pas et un support dédié auto-entrepreneur. Facturation simple et conforme, suivi des plafonds de chiffre d’affaires en temps réel.
9. Evoliz – La valeur sûre certifiée NF525/NF203
Evoliz reste une référence pour ceux qui veulent une facturation irréprochable sur le plan légal. L’outil est sobre mais extrêmement robuste.
10. Axonaut – Le mini-ERP français
Si vous sentez que votre micro-entreprise va rapidement devenir une TPE, Axonaut vous suit dans la durée avec son CRM + gestion de projet + facturation + support client.
11. FNAE Gestion – L’outil officiel et rassurant
Soutenu par la fédération des auto-entrepreneurs, parfait pour ceux qui veulent la solution “officielle” avec version gratuite.
Quel outil choisir selon votre situation ?
• Vous démarrez et vous voulez 0 € → Henrri ou Indy (facturation gratuite)
• Vous voulez tout gérer au même endroit → Pennylane ou Tiime
• Vous avez des clients récurrents et besoin de relances → Sellsy ou Abby
• Vous êtes en BNC → Indy
• Vous voulez un compte pro + facturation → Tiime
• Vous anticipez une croissance rapide → Sellsy ou Axonaut
La réforme e-facture : calendrier précis pour les micro-entrepreneurs
• 1er septembre 2026 : obligation de réception des factures électroniques pour tous
• 1er septembre 2027 : obligation d’émission pour les micro-entreprises et petites entreprises
Conseil de pro : choisissez dès maintenant un outil déjà immatriculé ou pré-immatriculé PDP (Sellsy, Pennylane, Indy, Abby sont dans ce cas). Vous éviterez la panique de dernière minute.
Conclusion : arrêtez de bricoler, passez pro
En 2025, faire ses factures à la main est aussi ringard que d’envoyer des fax. Les outils présentés ci-dessus sont tous français (ou du moins RGPD-compliant), simples à prendre en main et surtout prêts pour la révolution e-facture.
Mon conseil personnel après avoir testé les 11 : commencez par un gratuit (Indy ou Henrri) pour vous habituer, puis passez sur Sellsy ou Pennylane dès que vous dépassez 3-4 factures par mois. Votre future version de vous-même vous dira merci.
Et vous, quel outil utilisez-vous aujourd’hui ? Dites-le nous en commentaire, ça aide toujours la communauté !
