Imaginez : nous sommes le 1er septembre 2026 et votre expert-comptable vous appelle en panique parce que vos factures PDF « classiques » ne passent plus sur le Portail Public de Facturation. Résultat ? Amendes, blocage de trésorerie et nuits blanches. Ce scénario cauchemardesque deviendra réalité pour des milliers de PME si elles ne choisissent pas dès maintenant le bon outil. La réforme de la facturation électronique n’est plus une option : c’est une obligation qui arrive à grands pas. Heureusement, 2025 est l’année idéale pour faire le bon choix sans stress.
Pourquoi 2025 est l’année décisive pour changer de logiciel
À partir du 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA en France devront émettre leurs factures B2B sous forme électronique structurée (Factur-X, UBL ou CII) via une Plateforme de Dématérialisation Partenaire (PDP) ou le Portail Public de Facturation (PPF – ex-Chorus Pro élargi). Recevoir des factures électroniques deviendra obligatoire dès 2027. Concrètement, fini le PDF envoyé par mail qui faisait l’affaire jusqu’ici.
Les logiciels qui ne sont pas encore immatriculés ou pré-immatriculés risquent de vous lâcher au pire moment. D’où l’intérêt de choisir dès aujourd’hui une solution déjà prête et qui accompagnera la croissance de votre PME sans vous obliger à migrer une deuxième fois dans deux ans.
Les 3 critères incontournables en 2025
- Conformité immédiate ou pré-immatriculée PDP (l’idéal étant déjà immatriculée)
- Capacité à évoluer avec votre PME (CRM, trésorerie, API…)
- Pilotage en temps réel : plus personne n’a le temps de ressaisir dans Excel
Le classement 2025 des meilleurs outils pour PME françaises
1. Sellsy – Le couteau suisse français qui coche (presque) toutes les cases
Lancé en 2009, Sellsy reste en 2025 la solution la plus complète made in France pour les PME qui veulent centraliser toute leur gestion commerciale. CRM, devis, facturation électronique, relances, paiements en ligne, achats, trésorerie, marketing automation… tout y est.
Sellsy est déjà Plateforme de Dématérialisation Partenaire pré-immatriculée et transmettra vos factures directement au futur annuaire officiel sans que vous ayez à toucher à quoi que ce soit. L’export comptable FEC est impeccable et les connecteurs vers les principaux cabinets d’expertise-comptable sont natifs.
« On est passé de 4 outils différents à un seul. Le gain de temps est énorme et on dort tranquille pour 2026. »
– Julien, dirigeant d’une agence web de 18 personnes
Prix : à partir de 39 € HT/util/mois (engagement annuel). Essai gratuit 15 jours.
2. Pennylane – Le chouchou des startups et scale-up financées
Si votre PME lève des fonds ou vise une croissance rapide, Pennylane s’impose naturellement. La promesse ? Une seule plateforme où directeur financier, comptable et expert-comptable travaillent ensemble en temps réel.
Synchronisation bancaire instantanée, collecte automatique des factures fournisseurs (OCR + connecteurs), paiement par lots, prévisionnel de trésorerie ultra-précis… Pennylane va bien au-delà de la simple facturation. L’interface est magnifique et l’adoption par les équipes est quasi-immédiate.
Point fort pour 2026 : Pennylane a déjà annoncé son immatriculation complète comme PDP dès validation du référentiel technique.
Prix : à partir de 49 € HT/mois + modules. Essai 15 jours.
3. Indy – Le choix malin pour les petites PME et indépendants en société
Indy a surpris tout le monde en proposant une facturation 100 % gratuite et illimitée, même en 2025. Et attention : ce n’est pas une version bridée. Vous avez droit aux relances automatiques, à la personnalisation complète, au portail client et même à la transmission électronique future.
Le modèle économique repose sur les options comptabilité premium (déclarations automatiques de TVA, liasses fiscales, etc.). Si vous avez déjà un comptable ou que vous faites vous-même, la version gratuite suffit largement pour la facturation.
Indy est en cours d’immatriculation PDP et communique très clairement sur l’avancement. Risque quasi nul.
4. Abby – La pépite qui monte à toute vitesse
Abby cible les micro-entrepreneurs et petites SARL avec une offre gratuite déjà très complète et des abonnements à partir de 11 € HT/mois. Signature électronique de devis, factures récurrentes, espace client, relances personnalisables… tout y est.
En 2025, Abby a annoncé son partenariat stratégique avec un opérateur PDP déjà immatriculé : vos factures transiteront donc sans souci dès 2026.
5. Axonaut – Le tout-en-un qui ne fait pas de compromis
Axonaut propose une formule unique à 69,99 € HT/util/mois qui donne accès à tout : CRM, projets, facturation, dépenses, notes de frais, congés, export comptable… L’interface est claire et l’équipe support ultra-réactive.
Le gros point fort : Axonaut a choisi de devenir PDP lui-même et est déjà pré-immatriculé. Vous êtes donc certain de la continuité.
6. Evoliz – Le vétéran sérieux et fiable
Présent depuis 2011, Evoliz reste une valeur sûre avec des certifications NF203 et NF525. L’outil est complet (achats, stocks, projets) et le support téléphonique illimité est très apprécié des dirigeants qui n’aiment pas les chats impersonnels.
Tarif unique à 16 € HT/mois par société (pas par utilisateur). Evoliz passera par un PDP partenaire pour la transmission.
7. Tiime – La solution gratuite qui tient ses promesses
Plus de 200 000 entreprises utilisent déjà la facturation gratuite de Tiime. L’interface est joyeuse, la prise en main immédiate et le coffre-fort numérique 10 ans est inclus. Tiime a noué un partenariat avec une grande banque pour proposer un compte pro intégré (optionnel).
Pour 2026, Tiime sera connecté à plusieurs PDP et vous pourrez choisir votre routeur.
8. Esker – Quand votre PME devient une ETI
Esker s’adresse plutôt aux PME en forte croissance ou déjà structurées avec des volumes importants. La puissance d’automatisation est impressionnante mais le ticket d’entrée reste élevé (tarif sur devis uniquement).
Comparatif synthétique 2025 (tableau décision)
Voici un tableau récapitulatif pour vous aider à choisir rapidement :
Solution | Prix de départ | Version gratuite | Statut PDP 2025 | Idéal pour
Sellsy → 39 € HT/util → Non → Pré-immatriculée → PME en croissance tous secteurs
Pennylane → 49 € HT/mois → Non → Immatriculation en cours → Startups & scale-up
Indy → 0 € (factu) → Oui illimitée → En cours → Petites sociétés & indépendants
Abby → 0 € / 11 € → Oui très complète → Micro-entreprises
Axonaut → 69,99 € HT/util → Non → Pré-immatriculée → PME 5-50 salariés
Evoliz → 16 € HT/mois → Non → Via partenaire → TPE/PME classiques
Tiime → 0 € → Oui illimitée → Via partenaires → Débutants & petites structures
Esker → Sur devis → Non → PDP propre → Volumes > 10 000 factures/an
Les questions que tout le monde se pose en 2025
Un simple logiciel de facturation PDF suffit-il encore ?
Non. À partir de septembre 2026, le PDF seul ne sera plus accepté pour les factures B2B domestiques. Il faudra obligatoirement transmettre les données structurées via une PDP ou le PPF.
Puis-je garder mon logiciel actuel + un « pont » vers une PDP ?
C’est possible mais risqué. Beaucoup de petits éditeurs n’ont toujours pas annoncé leur partenaire PDP en décembre 2025. Vous pourriez vous retrouver à devoir tout migrer en urgence en juin 2026.
La version gratuite d’Indy ou Tiime sera-t-elle vraiment conforme ?
Oui. Les deux éditeurs l’ont annoncé clairement et ont déjà les partenariats techniques en place. Vous ne payerez que si vous voulez les modules comptabilité avancés.
Mon expert-comptable peut-il imposer un outil ?
Non. Vous restez libre de votre choix. Par contre, certains cabinets proposent des tarifs préférentiels si vous utilisez leur outil partenaire (souvent Pennylane ou Dougs).
Conclusion : ne jouez pas à la roulette russe avec votre trésorerie
2025 est la dernière année confortable pour tester et migrer sereinement. Les meilleurs outils sont déjà prêts, les prix sont stables et les équipes support sont disponibles (contrairement à ce qui arrivera en milieu d’année 2026).
Notre recommandation selon votre profil :
- Vous avez 0 à 5 salariés et voulez zéro contrainte → Indy ou Tiime gratuit
- Vous visez une croissance rapide ou avez déjà levé des fonds → Pennylane
- Vous voulez tout centraliser sans compromis et dormir tranquille → Sellsy ou Axonaut
Quelle que soit votre décision, agissez avant l’été 2026. Votre futur vous remerciera.
